先日友人の犬と我が家のオス犬が交配し妊娠が確定しました。
まだ匹数はわからないのですが１匹〜２匹だそうです。

１匹なら友人が、二匹なら互いに１匹ずつ育てるということになっています。
３ヶ月までは母犬から離すべきではないらしいので３ヶ月を過ぎてから子犬を引き取ろうと思っているのですが父犬は子犬を自分の子供だと認識するのでしょうか？
とりあえずケージは離して最初は育てようとは思うのですがそのうち一緒にお留守番ができるようになればいいなと思っています。

母親犬とは小さな頃から育っているので兄弟のようなものです。
リーダーは恐らく母犬です。交配後も母犬がマウンティングしようとする様子が見られたので…。
よく喧嘩もしているので（母犬がいつも喧嘩を売ります）仲いいのか悪いのかよくわかりません（怪我をさせるような喧嘩はしたことないです）

ただうちの父親犬は犬が苦手で散歩で出会った犬に片っ端から吠えたり突進しにいったりしてしまう子なので小さいうちから一緒にいさせると子犬をかみ殺したりしてしまわないかとても心配です。
そんなに凶暴な子ではなく、寧ろ凄くおとなしい性格なのですが今まで母犬ぐらいとしか一緒に過ごさせたことがないので不安なのです。

もし相性が悪くて父親犬が怯えてしまうようでしたら様子を見て実家の犬を欲しがっている妹に子犬をあげる事も考えています。

父親犬の元に子犬を迎えたことのある方がいましたら準備や飼い方、慣れるような接触の仕方等詳しく教えてくださると助かります。
また新幹線などで長距離移動させる場合子犬はどれぐらいの年齢からがいいですか？

親子の認識とかは無いと思います。
私の犬のブリーダーさんの所の犬を購入された方が最初にオス、数年してその子供のオスを購入しましたが全く合わず結局ずっと子供の方はケージで過ごしているそうです。
迎え入れてからは躾で仲良くさせるようにしてください。
ずっと一緒に過ごしてる兄弟でも全く合わない犬もいますので相性があると思います。
移動に関しては病院のチェックを受けて移動に耐えられるか確認してください。
うちは飛行機ですが2匹とも3ヶ月過ぎてから貨物でやってきました。

兄弟犬でも相性悪い子がいるんですね、初めて知りました。
相性があわないからってずっとケージに入れているのは可哀想ですね…とりあえず妹にはすでに相談済みなのでもしものときは早めに引き取る準備をしたほうがいいかもですね；；

躾はもちろんしますが念の為に離した場所に置けるようにしたほうが良さそうですね。
専門家が運ぶわけじゃないので様子を見ながら移動とかはさせようと思います。
コメントありがとうございます