生後二ヶ月の柴犬(メス)を飼い始めました。我が家に来て二週間になります。

室内飼いで普段サークルで過ごしています。サークルにベッドとトイレシーツを置いているのですが、なかなかサークル内でトイレをしてくれません。トイレがしたくなったら鳴きお知らせをしてきます。サークル内にトイレシーツがあるのでサークル内でして欲しいのですがどうすればいいのでしょうか？トイレ以外の時でも構って欲しい時やサークルから出たい時も鳴くので無視する事が有ります。中でしていいって事を分かって貰いたくトイレの時にトイレのお知らせと気付かず無視してしまった時は我慢出来ずサークル内のシーツの上でしていました。その時にかなり褒めました。ベッドが邪魔なのかな、とも思いサークル一面にトイレシーツを敷き寝床を置いたのですが掘ろうとして破ったり食べようとした為、止めました。

我が家に来る前にブリーダーさんのところでトイレトレーニングをしていたそうなのですが、そこではサークルの外でトイレをさせてからサークルに入れていたそうで、もしかしたらそれが癖ついてしまったのかな…とも考えしまいます。もしそうであればトイレトレーニングにやり直しをするしか無いのでしょうか？また、トイレのお知らせを無視しても大丈夫なのでしょうか？

夜中や朝方にも鳴くので参ってます。
回答して頂けると幸いです。

ブリーダーさんのしつけが正論ですよ。
寝床でトイレを教えるのは良くないです。
一般的に長期間かけてご褒美をやって、褒めて褒めまくって犬を洗脳して教えたいのなら、現状の方法でしつけをしてください。

犬は、寝床の周辺でトイレをしないのです（特に和犬は寝床ではトイレをしません）。
テリトリー（生活エリア）内ではトイレをしないのです。
外敵に居場所を知られたくないために、寝床から離れた場所まで移動してトイレをするのですよ。

ttp://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q14105399979
＞イヌカテの質問を拝見していると、トイレトレーニングに四苦八苦していらっしゃる方の質問の多くが、ケージ或いはサークルにベッドとトイレを配置したスタイルのように思います。
＞犬は自分の寝床近くで排泄することを好まないと思うのですが、なぜこのようなスタイルにされているのでしょう？

そんなの関係ない！と言って、教えるか。

トイレを教えてくれているのなら、即トレーニングが出来ます。
サークルの外（同室以外の場所が良い）にトイレを設置して、教えると、簡単に完了します。

ttp://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q13101854678
＞我が家に来て、一週間が経ちました。
＞初日は、夜泣きやトイレなどで悩まされましたが！
＞トイレもケージの外にありますが、歩いて来てちゃんとします。95％くらいの確率で成功！

ケージの外にトイレを置いてトレーニング開始１週間後で２ヶ月の犬。

＞また、トイレのお知らせを無視しても大丈夫なのでしょうか？
折角トイレの兆候を教えてくれているのに、無視するのですか？
「トイレの兆候が分からない」って言う飼い主さんが多くいます（もったいないことです）。
何かある毎に、「無視」するしつけが多いと思います。
「無視は、信頼関係を築くのを放棄する行為です」と思っています。

我が家では5ヶ月のヨークシャテリアをゲージなしで飼っています。
経験談ですがまず要求吠えはしないようしつけをしています。
トイレについては失敗しても怒らず黙ってよく拭き取り消臭剤をスプレーします。
そわそわしだしたらケンネルリード(慣れるまで室内でもリードをしつけのためにしています)をつけてシートまで誘導しそこでおしっこをするまで根気強く待ちます。
上手にできたら思いっきり褒めてあげる。
というのを繰り返しています。
うんちも同じ要領です。
シートはかじっても破けにくいものを用意して破かれたらすぐ交換。
根気強く繰り返しトイレをしたら褒める、シートを破ったら黙って交換の繰り返しです。
我が家にはゲージもなければ柵などもありません。

もう一つは朝、昼、夜、ご飯を食べたあとと決まった時間にゲージからだしてトイレをさせるという方法もありますがこちらは飼い主さん(群れのリーダー)の時間を割かなければなりません。

どちらにしろ飼い主さん(群れのリーダー)に吠えるということは吠えれば自分の思い通りになるという癖がついてしまいます。

サークル一面にトイレシーツを敷きというのは人間も嫌だと思いますがトイレの中で寝るということです。
これは良くないと思います。

まだ2ヶ月であればまだまだしつけをすることで改善されると思います。
家族＝群れですので飼い主さん(群れのリーダー)が穏やかに毅然として接しなければなりません。