3歳の柴犬・メスを飼っています。
兄弟の中でも元々体が一回りほど小さく、8kg後半から9kg前半ぐらいがベスト体重で、太って10kg台後半になっても動物病院の先生からは標準的だけど少しご飯の量に気をつけてねと言われます。

この子は子供の頃から食が細く、食べて欲しい量の半分以下程度しか食べません。
体重的に計算しても90gＸ2回を食べるのが理想なのですが1回45g程度上げても10g前後残すのがほとんどで、朝残した分をお昼に上げたりしています。
夜も45g程度上げて10g前後残すことが多く、完食することはあまりありません。

おやつは食後の歯磨きガム1本(朝半分、夜半分で1日1本)犬用のクッキー3枚程度を上げる程度なのですが、栄養はちゃんと取れているのだろうかと不安に思っています。

おやつや間食をあげずに、3ヶ月ほどドッグフードだけにして残した分もお昼に上げたりせずに様子も見ましたが、食べる量は変わらず、1食30〜35gぐらいです。
たまに完食することはありますが、2週間に1日あるかないかです。

それだけ食べる量が少ないにも関わらずに、体重は8.8kg〜9.3kgをずっとキープしています。

秋頃は涼しくてご飯もおいしいのか45gを完食して、たりなさそうなので20gずつぐらい追加して90gを超えないように上げたりするのですが、そうしていると1ヶ月程度で10kg台になって太ってきます。
(おやつの分量は変えないので、ご飯はおやつの分ぐらいは減らして上げています。また、一杯食べても70gがいいところです)
体もむちむち・ぷよぷよして太ったな、というのが良く分かります。

カロリーや栄養的にも1食90gは上げたいし、食べて欲しいのですがほとんどの場合食べませんし、食べたとしても太ってきます。

ブリーダーさんや病院の先生はウンチの様子を見て、少なければ硬くて便秘気味になるから量を増やして、多ければ柔らかくなるのでご飯の量を減らして様子を見てと言われます。
今のところ、1食45gで10g残す分量でツヤツヤ・プルンのウンチを毎日しています。ウンチの様子ではちょうど良さそうです。

こういう子の場合、ベスト体重をキープしてご飯は少なくても栄養的・カロリー的にいいものなのでしょうか？

フードの種類が分かりませんがうんちの状態や体重に問題がないなら気にしないで良いのでは？
うちには活動犬の同犬種2歳の雄が2匹います。
血縁はないです。
同じ餌を与えていますが1匹は痩せすぎで1匹は量を減らしてもぽちゃっとしています。
活動量や代謝が全然違うようです。
量などにとらわれず個体でみてください。

robin様
回答ありがうございます。

フードはアーテミス　アガリスクを上げています。

年一回の健康診断でも問題なしなので、気にしないようにします。