雄のヨーキーを二匹飼っています。
普段はちゃんとシートでおしっこをするの
ですが。
いつの間にか、知らない間にあっちこちで
おしっこをしててほんとに困ってます。
何が原因なのか？どうしたら直せるのか？
どなたか良いアドバイスを教えて下さい。

マーキングではないですか？

2頭とも雄であれば、1頭がはじめればあらそうようにあちこちでやり始めることもあります。

成犬であれば一日2～3回のトイレで過ごせるはずです。

あちこちに何度もおしっこというのであれば間違いなくマーキングだと思います。

マーキングは本能なので、治すにはかなり根気がいると思います。
方法に着いてはどんな問題行動も同じですが、躾の本やネットでググればいくらでも出てくるでしょうが、犬の性格や生活環境によって違ってきます。

本やネットで躾の方法を試してうまく行く人も行かない人もいるのは方法がその子にあっていないから。

まず、主従関係が築けていないのが一番の原因だと思います。
家の中が犬たちの縄張りであって、飼い主の存在が犬の意識に無いことが原因ではないでしょうか....

問題行動だけを治すことは出来ません。
最初から躾をしっかりやり直すのがいいと思います。