以前も質問させていただきました、何度もすみません。
3月初めからmダックスの男の子(現在生後3ヶ月)を迎え入れました、20代女性です。

現在、家にいて見ていられるあいだは室内に出していて、わたしが寝る時間にケージに戻しています。

ケージから出ている間は、トイレシートに戻ってうんちをしてくれるので、トイレの場所は覚えてくれていると思うのですが、
昨日の朝、うんちをしたそうにそわそわしながらケージの扉の前でワン！とひと鳴きしていたので外に出すと、一度外に出てからすぐにシートでうんちをしました。

外に出てからでないとうんちをしたがらないのには何か理由があるのでしょうか？
また、要求吠えをなくしていきたいので(吠えたら出してもらえると覚えて欲しくないので)、本来であれば無視しているのですが、この場合で無視するとうんちを我慢してしまったりしないでしょうか？

ほんとはいつか一緒に寝たい、、と飼い主の願望はあるのですが、
犬には自分の落ち着く場所が必要と見たので今はケージに戻しています。(これは間違いでないでしょうか？)
ケージから出ている間は、室内に別に用意しているハウスに入ったり、クッションを使って寝たりすることが多いですが、ケージ内でも寝てくれているので特にケージが嫌いということはないかなと思っているのですが…。

よろしくお願いします。

一緒に寝るのは簡単です。
うちは生後1ヶ月から一緒に寝ていますよ(^^)
本当にダメなものはダメ、としっかり教えてお部屋フリーで過ごせるようにしてあげればいいだけです。
トイレはお部屋に広めに作ってあげれば覚えやすいと思います。
私も同じ20代女性で、ずっと犬と暮らしてきましたがケージは使ったことはありません。だからケージありきで考える方が多いのにびっくりしています。