我が家にはトイプードルのオス、メスが1匹づついます。どちらも今2歳です。

昨年オスの方は去勢手術をしましたが、メスの方は避妊手術の際の検診で持病が発見された為今は避妊手術ではなく持病の治療に専念ということになりました。(動物病にの方から言われました)

最近メス犬がヒートです。ケージは2個あるものの基本的に部屋に放し飼いです。
オス犬がメス犬の後をつけまわしたり、またがったり、ずっとクンクン泣いていました。
その為ゲージに閉じ込め、部屋を離しましたがが、オス犬の方がおかしくなってしまいました。
ずっと鳴いていたり、ケージに体当たりしたり、ちんち○の先から血を出してしまい、病院に行ったら傷がついてるとも言われました。

そのため3日ほどでゲージ生活を終わらせたのですが、部屋を分けただけでもずっと鳴いています。どうしたらこの子にとって気が楽になるのでしょうか。

オスの発情は、メスのヒートの匂いによって引き起こされます。
猫と違って犬の発情期はありません。

メスが避妊手術していないので有れば、メスのヒート期間の2週間ほどは
別の空間で生活させるしかありません。

メスのヒート期間は、お散歩も気をつけなければダメです。
お散歩の間に、他所のオスがその匂いを嗅ぎつけて発情します。

とにかく、交尾させるつもりがないのなら、ヒート期間に同じ空間にメスとオスを置く事は、オスにとって拷問に近いので気をつけましょう。

獣医さんは何て言ってますか？
多分、去勢したばかりなので、まだヒートに反応しているんだとは思います。
誰かお身内に女の子を預かって貰えないですか？
今、男の子は気が狂いそうな状態の筈です。犬は鼻が良いので、家を離してもヒートの女の子には反応するようです。
同じ家の中では部屋を分けても難しいかと。
年齢と共に反応しなくなるとは思いますが、何とか物理的に引き離してあげて下さい。

そうですよね。クンクン鳴くので可哀想だと思っていたのですが、離してあげるのが優しさですよね。
交尾をさせないように雌犬にはおむつをつけていますがオス犬の子のためにも離します。

近くでペット預けられる人はいないので預けるならペットホテルです。
獣医の方に血を出した経緯を伝えたと去勢済みだしこればかりはワンチャンによって違うんだよねと言われて数日は傷がつかないようにゲージに入れてあげてくださいとしか言われませんでした。隔離してあげないと辛いですね。