私の実家には雄４歳になる雑種犬がいます。 飼い始めたころから少し甘やかしすぎたのと、犬の性格なのでしょうか？もうどうにも手がつけられない犬になってしまいました。
例をあげると・・・。
・早朝３〜５時頃遠吠えをする。（多分散歩の催促だと思う）
・客がくると泣きつづける。（どうも仲間に入りたいみたいな感じ）
・気に入らないことがあると泣く。（餌、居場所など）
・雷が恐い。（狂ったように泣きつづける）

とにかく一日中鳴き吠える犬です。以上のようなことがあると、近所が密集していることもあって、つい家の玄関のなかに入れてしまいます。
それもきっと鳴く原因にもなっていると分かってはいるのですが、叱っても絶対に諦めないのです。
長い時は２〜３時間泣きつづけることもあります。

それに叱ると反抗します。一体どうしたらいいのでしょうか？
せめて朝の遠吠えだけでもなんとかならないものかと、どなたか良いご回答をお待ちしています。

人と犬との主従関係が確立していないためだと思います。
主従関係が確立すると、ほとんどの問題が解決すると思います。

>早朝３〜５時頃遠吠えをする。（多分散歩の催促だと思う）
>客がくると泣きつづける。（どうも仲間に入りたいみたいな感じ）
安易に催促に応じていませんか？
安易に催促に応じていると人が犬の僕（しもべ）になってしまいます。
催促に応じずに泣きやませる方法を工夫しましょう。

>気に入らないことがあると泣く。（餌、居場所など）
病気の早期発見につながることもあるので、
あながち悪いとも言い切れないような気がします。

>雷が恐い。（狂ったように泣きつづける）
雷が恐いのは、恐いものは恐いのだから仕方がないと思います。
雷の時は玄関などに入れてあげれば如何ですか？

時間が解決する問題だとは思いますが、集合住宅の場合、近所の目が痛いと思います。
中には神経質な方もいますからね。
無駄吠えについてはいろいろ道具があります。
アボストップという、鳴くと犬にとって嫌なスプレーが発射されるもの。電気がはしるものもありますよね。
電気がはしるものはずっとつけているのではなく、一度電気がはしり痛い思いをすると、首輪におもりをつけただけで鳴かなくなったりするそうです。

それも嫌なら口輪でとりあえず時間をかけてしつけるとか。
頑張ってくださいね。
わんちゃんも考えて行動をしているので、しっかり気持ちを汲み取ってあげてください（*＾＿＾*）
ってこれがまた難しいけど・・・・。