いま犬を飼うことを真剣に考えています。
現在インターネットを利用しいろいろな情報を集めていて、犬の血統書に２種類の名称をみます。JKC（一般社団法人 ジャパンケネルクラブ) と、KCジャパン（NPO法人　日本社会福祉愛犬協会）です。

• Ｑ１. 犬の血統書を発行する「JKC」と「KCジャパン」とは全く違う団体ですか？ 属する団体が違うと何が変わるのか何かデメリットや不利益があるのか教えてください。
• Ｑ２. KCに登録された親犬からの子犬はKCにしか登録できないのでしょうか？親犬はKCだが、子犬はJKCに登録するというのは不可能でしょうか？
• Ｑ３. もし父犬がKCで母犬がJKCの場合、子犬はどちらでも登録可能でしょうか？それとも違う団体ということで雑種扱いになるのでしょうか？

JKCとKCジャパンについて回答します。

• A1.JKCとKCジャパンは、全く違う団体です。
• A2.できません。
• A3.どちらの団体も血統書を発行しない。子犬は血統書的にミックス雑種犬になります。

JKCで血統書登録した犬の子犬はJKC。KCジャパンで登録した犬の子犬はKCジャパンに限定されます。
他の団体から血統書の変更には制限があり、JKC←→KCジャパンへの血統書変更はできません。親犬がJKCとKCジャパンそれぞれ違う場合、子犬は血統書を発行してもらえないので、Mix犬となります。
メリットやデメリットですが、繁殖しないのであれば関係ありません。血統書がなくても可愛い愛犬に変わりありません。JKC、 KCジャパン

Ｑ：単犬登録(他団体切り替え)が可能な国内団体を教えてください。
Ａ：以下の指定団体からの単犬登録(他団体切り替え)を受け付けています。
一般社団法人　日本コリークラブ、公益社団法人　日本犬保存会、公益社団法人　秋田犬保存会、公益社団法人　日本シェパード犬登録協会、公益社団法人　日本警察犬協会、 一般社団法人　天然記念物北海道犬保存会、一般社団法人　全日本狩猟倶楽部
引用元: 一般社団法人 ジャパンケネルクラブ

私の知る限りのことでお答えしますが、詳しいことは両団体に直接おたずねください。
犬種団体は、この二つだけではありません。質問主さんがどんな犬種をお飼いになりたいのかわかりませんが、この２団体は全犬種を取り扱っています。
結論から申しますと、ＪＫＣとＫＣは異とする別の団体です。

外国との相互関係にあるのはＪＫＣ（ジャパン・ケネル・クラブ）です。
たとえばアメリカに連れて行ったとしたら、ＪＫＣの血統書と規定事項を満たしていれば、ＡＫＣ（アメリカンケネルクラブ）に登録することができます。
繁殖した場合のことですが、Ｑ２、Ｑ３共にＪＫＣの血統書申請はできません。
ただし、種牡の中にはどこの団体の血統書所持牝がきてもいいように、さまざまな団体に登録していることもあります。
しかし、この場合でも牝犬がＫＣのみの血統書であればＪＫＣには登録できません。牝犬所有者が子犬の血統書登録申請をすることになっています。

JKCの犬と、KCの犬が交配し、生まれた子犬は・・そうですね・・雑種・・・。
ＪＫＣが主催するドッグショーには出場できません。
アジリティなどへの参加はどうでしょうか・・・たぶん能力的なものには血統書の有無はそれほど制約はないと思うのですが・・・

一団体が大きな力を持つことは問題が無いとはいいきれませんが、良し悪しは別として、日本のペット業界は、純血種ということで考えたならＪＫＣが主流であることは現実ではなかと思います。
質問主さんが、これからどう犬と関わり楽しんでいきたいのか、どんな犬種をお飼いになりたいのか落ち着いて考えて下さい。 大切なことは、どんな犬でも尊い命なのですから。
本来は血統書などというものは人間がうみだしたものなんですよね。もともとＫＣはＪＫＣから別れていった方々が設立したのですから。

ご丁寧な回答ありがとうございました。
これからも犬についての勉強頑張ります。また分らないことがあるときには力を貸してください。今後もよろしくお願いします。